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目次
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數量生態學是指利用數學分析方法定量研究和解決生態問題的一門課程，是生態學方向研究生的一門專業必修課。針對生態學研究中常用的方法，《實用數量生態學》進行了詳細介紹，並給出了極其詳細的案例計算。《實用數量生態學》分為七個章節，包括數據整理與準備、多樣性指數計算、種間關係分析、生態位、空間格局分析、排序、群落數量分類方法等。在介紹完具體計算原理與實例後，還為分析方法提供了標準化的通用MATLAB 語言源程序，供探究細節的讀者研習使用。
目次
目錄
前言
第一章 數據整理與準備 1
第一節 數據的類型 1
一、名稱數據 1
二、順序屬性數據 2
三、數量屬性數據 3
第二節 數據預處理 3
一、數據簡縮 4
二、數據轉換 4
三、數據標準化 6
第三節 預處理的MATLAB實現 14
一、MakeExcelFileName函數 14
二、MakeExcelColumnName函數 15
三、OutputExcel函數 16
四、DataTransform函數 17
五、StandardizeData函數 19
第二章 多樣性指數計算 25
第一節 物種多樣性指數 25
一、α多樣性指數 25
二、α多樣性計算的MATLAB實現 31
三、β多樣性指數 37
第二節 系統發育多樣性 40
一、群落系統發育α多樣性指數 40
二、群落系統發育β多樣性指數 42
第三節 功能多樣性 44
一、功能α多樣性指數 45
二、功能β多樣性指數 47
第三章 種間關係分析 49
第一節 種間關聯 49
一、總體關聯性分析 49
二、種對間關聯性分析 51
三、種間關聯計算的MATLAB實現 54
第二節 種間相關 61
一、Pearson相關係數 61
二、Spearman相關係數 63
第三節 種間分離 65
一、Pielou分離指數 66
二、Pielou分離指數的MATLAB實現 68
第四節 種間競爭 71
一、競爭強度 71
二、競爭指數的MATLAB實現 72
第四章 生態位 74
第一節 生態位測度計算 75
一、生態位寬度計算 75
二、生態位重疊指數 77
三、生態位分離 85
四、多物種生態位重疊指數 85
五、生態位重疊的應用 85
第二節 生態位計算的MATLAB實現 86
一、niche函數 86
二、WangOverlap函數 90
三、nobp函數 92
第五章 空間格局分析 93
第一節 種群分佈類型及其判定 93
一、植物分佈類型與模型描述 93
二、分佈格局類型的驗證 94
第二節 單種群格局規模分析 103
一、等級方差分析法 104
二、雙項軌跡方差法 108
三、隨機配對法 112
第三節 單種群格局紋理分析 118
一、斑塊-間隙分析法 118
第四節 大尺度格局分析 123
一、趨勢面分析 123
二、典範趨勢面分析 131
第六章 排序 147
第一節 極點排序法 148
一、步驟 148
二、實例計算 149
三、極點排序法的MATLAB實現 151
第二節 主成分分析法 155
一、主成分分析概述 155
二、主成分分析排序步驟 156
三、實例計算 157
四、主成分分析的MATLAB實現 160
第三節 典範主成分分析法 164
一、原理與步驟 164
二、實例計算 165
三、典範主成分排序的MATLAB實現 168
第四節 主坐標分析法 171
一、原理與步驟 171
二、實例計算 173
三、主坐標分析的MATLAB實現 174
第五節 對應分析法 178
一、原理與步驟 178
二、實例計算 179
三、對應分析排序的MATLAB實現 181
第六節 修訂型對應分析法 186
一、原理與步驟 186
二、實例計算 187
三、修訂型CA/RA排序的MATLAB實現 190
第七節 除趨勢對應分析法 193
一、原理與步驟 193
二、實例計算 194
三、除趨勢對應分析的MATLAB實現 196
第八節 典範對應分析法 200
一、原理與步驟 200
二、實例計算 202
三、典範對應分析的MATLAB實現 206
第九節 除趨勢典範對應分析法 213
一、原理與步驟 213
二、實例計算 213
三、除趨勢典範對應分析的MATLAB實現 216
第七章 群落數量分類 222
第一節 相似的表達方法 222
一、僅適用於二元數據的相似關係 223
二、適用於二元數據和數量數據的相似關係 230
第二節 等級聚類法 235
一、等級聚類方法的步驟 235
二、幾種常用的聚合策略 238
三、等級聚類分析的MATLAB實現 240
第三節 關聯分析法 243
一、原理與步驟 243
二、實例計算 244
三、關聯分析法的MATLAB實現 248
第四節 雙向指示種分析法 254
一、原理與步驟 254
二、實例計算 255
三、雙向指示種分析法的MATLAB實現 260
主要參考文獻 272
前言
第一章 數據整理與準備 1
第一節 數據的類型 1
一、名稱數據 1
二、順序屬性數據 2
三、數量屬性數據 3
第二節 數據預處理 3
一、數據簡縮 4
二、數據轉換 4
三、數據標準化 6
第三節 預處理的MATLAB實現 14
一、MakeExcelFileName函數 14
二、MakeExcelColumnName函數 15
三、OutputExcel函數 16
四、DataTransform函數 17
五、StandardizeData函數 19
第二章 多樣性指數計算 25
第一節 物種多樣性指數 25
一、α多樣性指數 25
二、α多樣性計算的MATLAB實現 31
三、β多樣性指數 37
第二節 系統發育多樣性 40
一、群落系統發育α多樣性指數 40
二、群落系統發育β多樣性指數 42
第三節 功能多樣性 44
一、功能α多樣性指數 45
二、功能β多樣性指數 47
第三章 種間關係分析 49
第一節 種間關聯 49
一、總體關聯性分析 49
二、種對間關聯性分析 51
三、種間關聯計算的MATLAB實現 54
第二節 種間相關 61
一、Pearson相關係數 61
二、Spearman相關係數 63
第三節 種間分離 65
一、Pielou分離指數 66
二、Pielou分離指數的MATLAB實現 68
第四節 種間競爭 71
一、競爭強度 71
二、競爭指數的MATLAB實現 72
第四章 生態位 74
第一節 生態位測度計算 75
一、生態位寬度計算 75
二、生態位重疊指數 77
三、生態位分離 85
四、多物種生態位重疊指數 85
五、生態位重疊的應用 85
第二節 生態位計算的MATLAB實現 86
一、niche函數 86
二、WangOverlap函數 90
三、nobp函數 92
第五章 空間格局分析 93
第一節 種群分佈類型及其判定 93
一、植物分佈類型與模型描述 93
二、分佈格局類型的驗證 94
第二節 單種群格局規模分析 103
一、等級方差分析法 104
二、雙項軌跡方差法 108
三、隨機配對法 112
第三節 單種群格局紋理分析 118
一、斑塊-間隙分析法 118
第四節 大尺度格局分析 123
一、趨勢面分析 123
二、典範趨勢面分析 131
第六章 排序 147
第一節 極點排序法 148
一、步驟 148
二、實例計算 149
三、極點排序法的MATLAB實現 151
第二節 主成分分析法 155
一、主成分分析概述 155
二、主成分分析排序步驟 156
三、實例計算 157
四、主成分分析的MATLAB實現 160
第三節 典範主成分分析法 164
一、原理與步驟 164
二、實例計算 165
三、典範主成分排序的MATLAB實現 168
第四節 主坐標分析法 171
一、原理與步驟 171
二、實例計算 173
三、主坐標分析的MATLAB實現 174
第五節 對應分析法 178
一、原理與步驟 178
二、實例計算 179
三、對應分析排序的MATLAB實現 181
第六節 修訂型對應分析法 186
一、原理與步驟 186
二、實例計算 187
三、修訂型CA/RA排序的MATLAB實現 190
第七節 除趨勢對應分析法 193
一、原理與步驟 193
二、實例計算 194
三、除趨勢對應分析的MATLAB實現 196
第八節 典範對應分析法 200
一、原理與步驟 200
二、實例計算 202
三、典範對應分析的MATLAB實現 206
第九節 除趨勢典範對應分析法 213
一、原理與步驟 213
二、實例計算 213
三、除趨勢典範對應分析的MATLAB實現 216
第七章 群落數量分類 222
第一節 相似的表達方法 222
一、僅適用於二元數據的相似關係 223
二、適用於二元數據和數量數據的相似關係 230
第二節 等級聚類法 235
一、等級聚類方法的步驟 235
二、幾種常用的聚合策略 238
三、等級聚類分析的MATLAB實現 240
第三節 關聯分析法 243
一、原理與步驟 243
二、實例計算 244
三、關聯分析法的MATLAB實現 248
第四節 雙向指示種分析法 254
一、原理與步驟 254
二、實例計算 255
三、雙向指示種分析法的MATLAB實現 260
主要參考文獻 272
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