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目次
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《植物內生菌》分為上、下兩篇，上篇內容主要包括內生菌形態學、生理學、生態學、分子遺傳學和進化的研究。下篇講述了內生菌多樣性、分離、保存、鑒定、定殖檢測和生防作用等一些具體的研究實例。
作者簡介
黃貴修，博士，研究員，博士生導師。現任中國熱帶農業科學院環境與植物保護研究所副所長、副書記，橡膠樹病害／植物—微生物互作課題組組長，國家木薯產業技術體系建設病害防控崗位科學家、國際橡膠研究與發展委員會（IRRDB）植保專委會委員，中國熱帶作物學會植保專委會理事。1999年9月～2001年2月，哥倫比亞國際熱帶農業研究中心（CIAT）訪問學者，從事植物內生菌內共生機理研究；2002年5月～2005年6月，中國科學院微生物所、國家人類基因組南方研究中心完成博士論文“水稻白葉枯病菌致病性功能基因組學分析”研究工作。2005年7月至今。中國熱帶農業科學院環境與植物保護研究所從事科研及行政管理工作。目前，主要從事橡膠樹、木薯、香蕉等熱帶作物重要病害發生機理與防控技術，熱帶植物內生菌資源研究與利用等研究及科技服務。先后主持和參加科技部國家科技支撐計劃項目、國家科技基礎條件平臺項目、科技基礎性工作專項，農業部公益行業科研專項、國家木薯產業技術體系建設課題、國家天然橡膠產業技術體系建設課題、中央級公益性科研院所基本科研業務費專項、農業行業標準制（修）訂項目，海南省教育廳科技基金項嗣和海南省自然科學基金項目等科研課題20多項。近年來發表論文70多篇，其中，SCI源文獻收錄論文7篇，出版著作5部，獲批國家發明專利3項，獲獎和鑒定成果8項。
名人/編輯推薦
《植物內生菌》的編者多年來一直從事植物內生菌的研究工作，將收集的國外參考資料進行了翻譯和整理，并與個人研究成果匯編成書。內生菌研究起步較晚，可供參考的研究文獻數量有限。《植物內生菌》由黃貴修、劉先寶編著。
目次
上篇
第一章 內生微生物概述
1 引言
2 定義
3 主要的內生微生物種群綱要
3.1 內生麥角菌科
3.2 其他系統性內生真菌
3.3 雙子葉植物內生真菌
3.4 地衣中的內生真菌
3.5 苔蘚類植物和蕨類植物中的內生真菌
3.6 植物樹皮中的內生真菌
3.7 植物木質部中的內生真菌
3.8 植物根際的內生真菌
3.9 菌癭和孢囊內的內生真菌
3.10 植物中的內生細菌
參考文獻
第二章 賴尼硅質巖（Rhynie Chert）生態系統——了解真菌互作的模型
1 引言
2 賴尼硅質巖真菌
2.1 腐生菌
2.2 寄生菌
2.3 重寄生（Mycoparasitism）
2.4 菌根
2.5 地衣
3 結論
參考文獻
第三章 草本植物活體營養的內生真菌：系統評價
1 引言
2 分類和進化
3 屬
4 內生性的發展
4.1 瘤座菌屬
4.2 香柱菌和Parepichloe 一
5 內生性的優勢
5.1 吸收養分的途徑更廣
5.2 防止脫水
5.3 防止昆蟲、寄生真菌和其他微生物的危害
6 植物子實體的形成
7 植物組織的修飾
8 有性生殖
9 對寄主的有利作用
10 中毒性綜合征
參考文獻
第四章 草本植物內生茵進化中的雜交和協同物種形成假說
1 內生菌的多樣性
2 共生體的生活史
3 宿主專一性
4 進化上的幾點考慮
4.1 宿主專化性的進化意義
4.2 有性生殖對共生體的益處
5 無性繁殖與突變融合
6 相互依賴
7 共物種形成
8 種間雜交
9 結論
參考文獻
第五章 栽培和野生植物中內生鐮刀菌
1 引言
2 鐮孢屬內生菌的評價方法
2.1 微生物學方法
2.2 顯微方法
2.3 遺傳學和分子方法
3 玉米內生串珠鐮刀菌
3.1 串珠鐮刀菌內生定殖玉米的微生物學依據
3.2 串珠鐮刀菌內生定殖玉米的顯微學依據
3.3 串珠鐮刀菌內生定殖玉米的遺傳學和分子依據
3.4 串珠鐮刀菌內生菌侵染的方式
4 野生植株中的內生鐮刀菌
5 觀賞樹木和栽培樹木中的內生鐮刀菌
6 作物中的內生鐮刀菌
7 總結
參考文獻
第六章 球囊霉目中叢枝菌根真菌的內生性進化
1 引言
2 叢枝菌根共生現象的起源
3 協同進化和物種形成
4 協同進化和種群動態學
5 結論
參考文獻
第七章 沙漠菌根的生物多樣性和進化
1 引言
2 叢枝菌根真菌在干旱地區植物中的定殖水平
3 干旱地區土壤中叢枝菌根真菌的多樣性
4 影響定殖觀察差異的潛在因素
5 干旱地區磷和叢枝菌根真菌的相互作用
6 氮和氮／磷的協同作用
7 叢枝菌根真菌對水和滲透壓力的影響
8 叢枝菌根真菌和植物的適應性
9 結論和方向
參考文獻
第八章 菌根真菌
1 引言
2 菌根的類型
2.1 內生菌根
2.2 外生菌根
2.3 杜鵑花類菌根
2.4 蘭科菌根
3 Glomalean菌根真菌的形態學
3.1 外部菌絲
3.2 附著胞
3.3 輔助細胞
3.4 分生孢子
3.5 內部菌絲
3.6 叢枝體
3.7 囊泡
4 分類學
5 菌根真菌的生態學
5.1 共生的起源
5.2 內生菌在生態系統中的作用
5.3 新生境的傳播和建立
5.4 與生物群落的相互作用
5.5 與動物的相互作用
5.6 動物也能與菌根真菌和諧作用
5.7 與植物群落的互作
6 后續研究的重要性
參考文獻
第九章 內生細菌及其對植物的影響和在農業生產中的應用
1 引言
2 內生細菌作為一類細菌的定義
3 內生細菌進化發展的推測
4 被鑒定為內生細菌類型的劃分
4.1 植物病原細菌
4.2 其他有害的內生細菌
4.3 非致病性的內生菌
4.4 固氮細菌
5 常規的生態學研究
5.1 植物中內生細菌群體
5.2 植物內部內生菌的生長和運動
5.3 內生細菌獲得進入宿主植物的途徑
5.4 宿主專一性
6 內生細菌在農業中的有益作用
6.1 促生長細菌
6.2 植物病害的生物防治
7 未來的發展方向
參考文獻
第十章 麥角科內生菌進化過程中的生理適應性
1 引言
2 麥角菌科內的進化關系
3 真菌與草類之間的生理互作
3.1 離體營養需求
3.2 宿主體內互作
3.3 外生和內生菌絲之間營養的交換和轉移
3.4 子座中營養交換和運輸
4 生理和進化
4.1 新的代謝產物
4.2 協同進化
參考文獻
第十一章 內生真菌的聚酮化合物和多肽產物：兩條次生代謝生物合成領域的變化
1 引言
2 聚酮化合物
2.1 主題1—生物合成機制
2.2 T—毒素
2.3 二羥萘黑色素
3 多肽
3.1 主題2—非核蛋白質多載體的結構
3.2 異青霉素N
3.3 恩鐮孢菌素
4 聚酮化合物、脂肪酸、多肽混合物
4.1 環孢霉素
4.2 HC毒素
5 類異戊二烯
6 結論
參考文獻
第十二章 牧草類宿主體內內生菌的代謝活性、分布和繁殖：GUS報道基因研究結果
1 引言
2 宿主體內內生菌的基因表達
3 黑麥草分蘗處內生菌的分布和新陳代謝水平
4 植物體內可能出現的內生菌分布模式
5 成熟組織中菌絲仍然保持代謝活性：基因調控的本質和真菌次生代謝產物的合成
6 指導內生菌分布模式進化的可能機制
7 內生菌的自然選擇：內生菌有性生殖遺傳材料的繁殖情況研究
8 結論
參考文獻
第十三章 內生菌侵染的牧草中的生物堿：化學抗性或生物異常
1 引言
2 內生菌產生的生物堿
3 防御互惠共生
4 生物堿、生態學和進化
5 生物堿和真菌營養
6 生物堿和能量平衡
7 綜述
參考文獻
第十四章 禾草植物與內生真菌的協同進化：內生真菌次生代謝產物的重要性
1 引言
2 具有生物活性的內生真菌次生代謝產物
2.1 吡咯雙烷類生物堿（Pyrrolizidine Alkaloids）
2.2 并吡咯吡嗪類（Pyrrolopyrazines）
2.3 麥角類生物堿（Ergot Alkaloids）
2.4 吲哚二萜類化合物
2.5 抗真菌化合物
2.6 其他類代謝物
3 內生真菌的系統發育與進化
4 內生真菌—禾草植物共生關系中次生代謝在進化過程中的選擇壓力
4.1 內生真菌—宿主植物的親和性
4.2 宿主植物對傳播過程中的真菌的選擇
4.3 感染內生真菌植物的選擇作用
5 真菌代謝途徑的協同進化
5.1 相關真菌中次生代謝途徑的進化
5.2 雙吡咯烷類（Pyrrolizidine）
5.3 并吡咯吡嗪類（Pyrrolopyrazines）
5.4 麥角類生物堿
5.5 吲哚二萜類化合物
5.6 脂類物質
5.7 Neotyphodium／Epichloe中次生代謝物生物合成的進化多樣化
5.8 農業環境中的化學型的選擇
6 植物與真菌的共適應以產生有效防御性化學
6.1 在共生關系和培養物中的表達
6.2 植物體內積累的生物堿的分布
6.3 次生代謝物濃度的季節性變化
6.4 生長條件對濃度的影響
6.5 與宿主植物和真菌基因型相關的濃度變化
7 展望次生代謝的共進化研究
參考文獻
第十五章 木本植物內生茵的生態學研究
1 引言
2 什么是木本植物的內生菌？
3 木本植物中內生菌的侵染策略
4 內生菌侵染的時間和空間模式
4.1 侵染模式隨時間的變化
4.2 侵入的空間方式
5 取樣問題
6 內生菌的生態學作用
6.1 昆蟲拮抗作用
6.2 昆蟲拮抗作用的模式
6.3 葉片老化和脫落
6.4 內生菌侵染的誘導效應
6.5 木本植物內生菌的其他生態學作用
7 結論和未來的方向
參考文獻
第十六章 內生真菌是否介導了損傷誘導抗性
1 引言
2 植物內生菌—昆蟲互作生態學研究的歷史
3 內生菌對昆蟲取食行為的影響
4 已報道的昆蟲取食抗性的化學基礎
5 寄主植物的誘導反應
6 牧草—內生菌共生體除誘導抗性的其他作用
7 誘導抗性假說的實證研究
7.1 包括莖損傷在內的實驗
7.2 包括根部損傷在內的實驗
8 結論與展望
參考文獻
第十七章 內生菌Neotyphodium侵染的高羊茅草植株的非生物脅迫、形態可塑性和化學適應性
1 引言
2 內生菌侵染的草類對生物脅迫的忍耐性
3 內生菌侵染的草類對非生物脅迫的耐性
3.1 耐旱性
3.2 光照和溫度
3.3 土壤酸度
3.4 耐礦物質脅迫
4 總結和結論
參考文獻
……
下篇 實驗技術
第一章 內生微生物概述
1 引言
2 定義
3 主要的內生微生物種群綱要
3.1 內生麥角菌科
3.2 其他系統性內生真菌
3.3 雙子葉植物內生真菌
3.4 地衣中的內生真菌
3.5 苔蘚類植物和蕨類植物中的內生真菌
3.6 植物樹皮中的內生真菌
3.7 植物木質部中的內生真菌
3.8 植物根際的內生真菌
3.9 菌癭和孢囊內的內生真菌
3.10 植物中的內生細菌
參考文獻
第二章 賴尼硅質巖（Rhynie Chert）生態系統——了解真菌互作的模型
1 引言
2 賴尼硅質巖真菌
2.1 腐生菌
2.2 寄生菌
2.3 重寄生（Mycoparasitism）
2.4 菌根
2.5 地衣
3 結論
參考文獻
第三章 草本植物活體營養的內生真菌：系統評價
1 引言
2 分類和進化
3 屬
4 內生性的發展
4.1 瘤座菌屬
4.2 香柱菌和Parepichloe 一
5 內生性的優勢
5.1 吸收養分的途徑更廣
5.2 防止脫水
5.3 防止昆蟲、寄生真菌和其他微生物的危害
6 植物子實體的形成
7 植物組織的修飾
8 有性生殖
9 對寄主的有利作用
10 中毒性綜合征
參考文獻
第四章 草本植物內生茵進化中的雜交和協同物種形成假說
1 內生菌的多樣性
2 共生體的生活史
3 宿主專一性
4 進化上的幾點考慮
4.1 宿主專化性的進化意義
4.2 有性生殖對共生體的益處
5 無性繁殖與突變融合
6 相互依賴
7 共物種形成
8 種間雜交
9 結論
參考文獻
第五章 栽培和野生植物中內生鐮刀菌
1 引言
2 鐮孢屬內生菌的評價方法
2.1 微生物學方法
2.2 顯微方法
2.3 遺傳學和分子方法
3 玉米內生串珠鐮刀菌
3.1 串珠鐮刀菌內生定殖玉米的微生物學依據
3.2 串珠鐮刀菌內生定殖玉米的顯微學依據
3.3 串珠鐮刀菌內生定殖玉米的遺傳學和分子依據
3.4 串珠鐮刀菌內生菌侵染的方式
4 野生植株中的內生鐮刀菌
5 觀賞樹木和栽培樹木中的內生鐮刀菌
6 作物中的內生鐮刀菌
7 總結
參考文獻
第六章 球囊霉目中叢枝菌根真菌的內生性進化
1 引言
2 叢枝菌根共生現象的起源
3 協同進化和物種形成
4 協同進化和種群動態學
5 結論
參考文獻
第七章 沙漠菌根的生物多樣性和進化
1 引言
2 叢枝菌根真菌在干旱地區植物中的定殖水平
3 干旱地區土壤中叢枝菌根真菌的多樣性
4 影響定殖觀察差異的潛在因素
5 干旱地區磷和叢枝菌根真菌的相互作用
6 氮和氮／磷的協同作用
7 叢枝菌根真菌對水和滲透壓力的影響
8 叢枝菌根真菌和植物的適應性
9 結論和方向
參考文獻
第八章 菌根真菌
1 引言
2 菌根的類型
2.1 內生菌根
2.2 外生菌根
2.3 杜鵑花類菌根
2.4 蘭科菌根
3 Glomalean菌根真菌的形態學
3.1 外部菌絲
3.2 附著胞
3.3 輔助細胞
3.4 分生孢子
3.5 內部菌絲
3.6 叢枝體
3.7 囊泡
4 分類學
5 菌根真菌的生態學
5.1 共生的起源
5.2 內生菌在生態系統中的作用
5.3 新生境的傳播和建立
5.4 與生物群落的相互作用
5.5 與動物的相互作用
5.6 動物也能與菌根真菌和諧作用
5.7 與植物群落的互作
6 后續研究的重要性
參考文獻
第九章 內生細菌及其對植物的影響和在農業生產中的應用
1 引言
2 內生細菌作為一類細菌的定義
3 內生細菌進化發展的推測
4 被鑒定為內生細菌類型的劃分
4.1 植物病原細菌
4.2 其他有害的內生細菌
4.3 非致病性的內生菌
4.4 固氮細菌
5 常規的生態學研究
5.1 植物中內生細菌群體
5.2 植物內部內生菌的生長和運動
5.3 內生細菌獲得進入宿主植物的途徑
5.4 宿主專一性
6 內生細菌在農業中的有益作用
6.1 促生長細菌
6.2 植物病害的生物防治
7 未來的發展方向
參考文獻
第十章 麥角科內生菌進化過程中的生理適應性
1 引言
2 麥角菌科內的進化關系
3 真菌與草類之間的生理互作
3.1 離體營養需求
3.2 宿主體內互作
3.3 外生和內生菌絲之間營養的交換和轉移
3.4 子座中營養交換和運輸
4 生理和進化
4.1 新的代謝產物
4.2 協同進化
參考文獻
第十一章 內生真菌的聚酮化合物和多肽產物：兩條次生代謝生物合成領域的變化
1 引言
2 聚酮化合物
2.1 主題1—生物合成機制
2.2 T—毒素
2.3 二羥萘黑色素
3 多肽
3.1 主題2—非核蛋白質多載體的結構
3.2 異青霉素N
3.3 恩鐮孢菌素
4 聚酮化合物、脂肪酸、多肽混合物
4.1 環孢霉素
4.2 HC毒素
5 類異戊二烯
6 結論
參考文獻
第十二章 牧草類宿主體內內生菌的代謝活性、分布和繁殖：GUS報道基因研究結果
1 引言
2 宿主體內內生菌的基因表達
3 黑麥草分蘗處內生菌的分布和新陳代謝水平
4 植物體內可能出現的內生菌分布模式
5 成熟組織中菌絲仍然保持代謝活性：基因調控的本質和真菌次生代謝產物的合成
6 指導內生菌分布模式進化的可能機制
7 內生菌的自然選擇：內生菌有性生殖遺傳材料的繁殖情況研究
8 結論
參考文獻
第十三章 內生菌侵染的牧草中的生物堿：化學抗性或生物異常
1 引言
2 內生菌產生的生物堿
3 防御互惠共生
4 生物堿、生態學和進化
5 生物堿和真菌營養
6 生物堿和能量平衡
7 綜述
參考文獻
第十四章 禾草植物與內生真菌的協同進化：內生真菌次生代謝產物的重要性
1 引言
2 具有生物活性的內生真菌次生代謝產物
2.1 吡咯雙烷類生物堿（Pyrrolizidine Alkaloids）
2.2 并吡咯吡嗪類（Pyrrolopyrazines）
2.3 麥角類生物堿（Ergot Alkaloids）
2.4 吲哚二萜類化合物
2.5 抗真菌化合物
2.6 其他類代謝物
3 內生真菌的系統發育與進化
4 內生真菌—禾草植物共生關系中次生代謝在進化過程中的選擇壓力
4.1 內生真菌—宿主植物的親和性
4.2 宿主植物對傳播過程中的真菌的選擇
4.3 感染內生真菌植物的選擇作用
5 真菌代謝途徑的協同進化
5.1 相關真菌中次生代謝途徑的進化
5.2 雙吡咯烷類（Pyrrolizidine）
5.3 并吡咯吡嗪類（Pyrrolopyrazines）
5.4 麥角類生物堿
5.5 吲哚二萜類化合物
5.6 脂類物質
5.7 Neotyphodium／Epichloe中次生代謝物生物合成的進化多樣化
5.8 農業環境中的化學型的選擇
6 植物與真菌的共適應以產生有效防御性化學
6.1 在共生關系和培養物中的表達
6.2 植物體內積累的生物堿的分布
6.3 次生代謝物濃度的季節性變化
6.4 生長條件對濃度的影響
6.5 與宿主植物和真菌基因型相關的濃度變化
7 展望次生代謝的共進化研究
參考文獻
第十五章 木本植物內生茵的生態學研究
1 引言
2 什么是木本植物的內生菌？
3 木本植物中內生菌的侵染策略
4 內生菌侵染的時間和空間模式
4.1 侵染模式隨時間的變化
4.2 侵入的空間方式
5 取樣問題
6 內生菌的生態學作用
6.1 昆蟲拮抗作用
6.2 昆蟲拮抗作用的模式
6.3 葉片老化和脫落
6.4 內生菌侵染的誘導效應
6.5 木本植物內生菌的其他生態學作用
7 結論和未來的方向
參考文獻
第十六章 內生真菌是否介導了損傷誘導抗性
1 引言
2 植物內生菌—昆蟲互作生態學研究的歷史
3 內生菌對昆蟲取食行為的影響
4 已報道的昆蟲取食抗性的化學基礎
5 寄主植物的誘導反應
6 牧草—內生菌共生體除誘導抗性的其他作用
7 誘導抗性假說的實證研究
7.1 包括莖損傷在內的實驗
7.2 包括根部損傷在內的實驗
8 結論與展望
參考文獻
第十七章 內生菌Neotyphodium侵染的高羊茅草植株的非生物脅迫、形態可塑性和化學適應性
1 引言
2 內生菌侵染的草類對生物脅迫的忍耐性
3 內生菌侵染的草類對非生物脅迫的耐性
3.1 耐旱性
3.2 光照和溫度
3.3 土壤酸度
3.4 耐礦物質脅迫
4 總結和結論
參考文獻
……
下篇 實驗技術
書摘/試閱
Pirozynski和Malloch （1981）、Pirozyneki （1981）、Trappe （1987）和Morton （1990b）等一致認為至少有一個原始的菌根共生體系（在化石和理論分析基礎上判斷其可能起源于球囊霉真菌的祖先）隨著陸生習性的出現和隨后種子植物的出現，傳播介導了無根軸植物放射式生長。一旦最早期的共生體系建立并且定殖，地衣共生菌就開始與植物共生體聯系在一起。最終經過數億年的進化，叢枝真菌和其他分類以及功能都相同的真菌分離開（Malloch，1987）。在整個地質時代，植物共生體從一開始就不是單獨進化的，特別是植物譜系以爆炸性的速度增加時（Pirozynski，1981；Pirozynski和Malloch，1975）。地衣共生菌和植物共生體都是模式有機物，單獨一個在遇到單一的動物群體時都能夠改變并適應未知的生物環境（Andrews，1992）。新生態循環系統的共進化潛力巨大，然而它們中的任何一方都不能單獨進化。
叢枝真菌和它們的宿主植物是從古代祖先共同進化而來的，這個理論如果成立，只要在選擇性的進化過程中作為高級分類單元的植物共生體沒有損壞，在現代的相互作用中兩者間極度的親和性是可以預測的[Buss，（1987）建立了分層理論的研究基礎；Law和Lewis（1987）對AM叢枝菌根進行了相關研究]。很明顯，地衣共生物和植物共生體的共同進化積累可能會影響到種和種群水平的適應性。
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