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本研究調查鄰港附近水質環境，依據調查結果配合當地海氣地象資料以及水質生態資料，提出港灣附近水質分佈的特性、影響水質之因素、評估對生態環境之影響以及與自然條件的相關性。本年度(98)研究已完成臺中港鄰港海域水體採樣調查及分析工作，進行了梅雨季節前後之兩次海域水質採樣分析(2009/04/29與2009/06/25)與一次上、下游全潮水質採樣分析工作(2009/09/14 12:00～2009/09/15 12:00)。檢驗項目共13項，進行表層水體採樣工作。第一、二次海域水質調查結果，臺中港鄰港海域水質多能符合所屬之乙類海域水體品質，但部份區域仍出現偶受生活污水方面之有機污染，無法符合水質標準，尤其是靠近河川、排水路之河口近岸海域，易受到內陸污染排放所影響。在第三次 (2009/0914 12:00~2009/09/15 12:00)全潮水質調查調查結果發現，N3測站(梧棲大排入港處)在2009/9/14傍晚約17:00以後(此時為到達滿潮後開始退潮)，DO、BOD與大腸桿菌群逐漸升高，到了乾潮期間2009/09/15 00:30 達到最大值，之後隨著漲潮，DO、BOD與大腸桿菌群則逐漸降低。由此結果推估，在退潮期間，有一持續性污染源注入。隨著航運的發展，國際間隨船舶壓艙水而導入外來種之情形日漸嚴重，使得外來種所造成之生態或經濟衝擊越來越廣泛。本研究分析了臺中港85-97年之進港船舶航運運輸資料，希望能透過資料的分析，找出壓艙水的主要來源。資料顯示，船旗國部分是巴拿馬為最大的來源國；船舶前一個停靠港是以亞洲為主，其中又以日本占了最大的比例；93-96年壓艙水排放總量約為2,144,276噸。最後參考了國際控管船舶壓艙水及沉澱物公約內G2指導方針，研擬出一套臺中港壓艙水採樣的建議辦法。 本年度完成之上、下游全潮水質採樣分析工作，此為國內首次於港域水質調查中所進行之採樣調查工作。所得之結果可以了解上游陸域排水24小時的水質連續變化外，亦可作為未來進行海域水質數值與系統動力學模擬之參考依據，了解上游污染源以及其排放總量，對於港域內污染總量之評估有相當大的助益，尤其是24小時全潮水質調查之結果，可提供管理單位如環保署及港務局作為評估分析之參考依據。
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