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《基因定位與育種設計(第二版)》內容建立在作者近20年科研和教學工作基礎之上，《基因定位與育種設計(第二版)》可分為四部分。第1章為第一部分，介紹遺傳研究群體，包括常見群體類型、基因型數據的初步整理和分析、基因效應和遺傳方差的基本概念、單環境和多環境表型觀測值的方差分析、基因型值和廣義遺傳力的估計等內容。第2～6章為第二部分，介紹雙親群體遺傳分析，包括兩個座位的基因型理論頻率和重組率估計方法、作圖函數和遺傳圖譜構建，以及單標記分析、簡單區間作圖、完備區間作圖、上位型互作及與環境互作的QTL作圖方法等內容。第7～10章為第三部分，介紹多親群體遺傳分析，包括雜合親本的雜交後代、純系親本的雙交後代、多親純系後代、選擇群體、自然群體和巢式雜交群體等多種類型群體的連鎖分析與基因定位。第11～13章為第四部分，介紹育種模擬、預測和設計，包括育種過程的建模和模擬、育種方法的模擬比較和優化、線性預測模型及其育種應用，以及利用遺傳研究結果開展育種設計等內容。前三部分可看作基因定位的內容，第四部分可看作育種設計的內容。每章之後附有練習題，書後附有參考文獻和索引。
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