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(一)基因組學研究
基因組學的研究主要包括兩方面內容:以全基因組測序為目標的結基因組學和以基因功能鑒定為目標的功能基因組學,又被稱為后基因組研究,是系統生物學研究的重要方法之一。
基因組DNA測序是人類對自身基因組認識的第一步。隨著測序的完成,功能基因組學研究成為研究的主流,它從基因組信息與外界環境相互作用的高度,闡明基因組的功能。功能基因組學的研究內容包括人類基因組DNA序列變異性研究、基因組表達調控研究、模式生物體研究和生物信息學研究等。
1.人類基因信息的識別和鑒定 要提取基因組功能信息,識別和鑒定基因序列是必不可少的基礎工作。基因識別需采用生物信息學、計算生物學技術和生物學實驗技術等手段,將理論方法和實驗結合起來。基于理論的方法主要是從已有的大量核酸序列數據庫入手,開發序列比較、基因組比較及基因預測等方法。識別基因的生物學手段主要包括:根據可表達序列標簽(STS)對染色體特異性cosmid進行直接的cDNA選擇;CpG島差異顯示技術;外顯子捕獲及相關技術;基因芯片技術;基因組掃描;突變檢測體系等。
2.基因功能信息的提取和鑒定包括人類基因突變體的系統鑒定;基因表達譜繪制;“基因改變—功能改變”的鑒定;蛋白質水平、修飾狀態和相互作用的檢測等。
3.再測序和基因多樣性分析人類基因組計劃得到的基因組序列雖然具有代表性,但是每個人的基因組并不完全相同,基因組序列存在差異。基因組的差異反映在表型上就形成個體的差異,如黑人與白人的差異,健康人與遺傳患者的差異等。分析這些多樣性有利于為不同的患者制訂個體化的治療方案。
4.基因組表達及調控的研究在全細胞水平,識別所有基因組表達產物mRNA和蛋白質,以及兩者的相互作用,闡明基因組表達在發育過程和不同環境壓力下的時、空的整體調控網絡。
5.比較基因組學將人類基因組與模式生物基因組進行比較,這一方面有助于根據同源性方法分析人類基因的功能,另一方面有助于發現人類和其他生物的本質差異,探索遺傳語言的奧秘。
(二)蛋白組學研究
隨著人類基因組計劃的實施和推進,生命科學研究已進入了后基因組時代。在這個時代,生命科學的主要研究對象是功能基因組學,包括結構基因組研究和蛋白質組研究等。盡管現在已有多個物種的基因組被測序,但這些基因組中通常有一半以上基因的功能是未知的。目前功能基因組中所采用的策略,如基因芯片、基因表達序列分析(serial analysis ofgene expression,SAGE)等,都是從細胞mRNA的角度來分析,其前提是細胞中mRNA的水平能夠反映蛋白質表達水平。但事實并非完全如此,從DNA、mRNA到蛋白質,存在三個不同層次的調控,即轉錄水平調控、翻譯水平調控、翻譯后水平調控。從mRNA角度分析則僅包括了轉錄水平調控,并不能代表蛋白質表達水平。實驗證明,組織中mRNA豐度與蛋白質豐度的相關性并不佳,尤其對于低豐度蛋白質,相關性較差。更重要的是,蛋白質復雜的翻譯后修飾、蛋白質的亞細胞定位或遷移、蛋白質一蛋白質相互作用等則幾乎無法從mRNA水平來判斷。毋庸置疑,蛋白質是生理功能的執行者,是生命現象的直接體現者,對蛋白質結構和功能的研究將直接闡明生命在生理或病理條件下的變化機制。蛋白質本身的存在形式和活動規律,如翻譯后修飾、蛋白質問相互作用以及蛋白質構象等問題,仍依賴于對蛋白質的直接研究。雖然蛋白質的可變性及多樣性等特殊性質導致了蛋白質研究技術遠比核酸研究技術要復雜和困難,但正是這些特性參與和影響著整個生命過程。
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