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《高通量測序技術在選擇性剪接研究中的應用》涉及的內容主要反映了作者10年來從事高通量測序分析技術和選擇性剪接研究的工作。其中，環形RNA的相關工作是承擔國家自然科學基金項目（31571306）取得的部分成果。《高通量測序技術在選擇性剪接研究中的應用》在整理過程中得到了筆者學生的大力支持和幫助，包括王凱、宋坤、石傳宏、王沖、姜鑫、宋永康、張慶雷、李瑞、葉家震、李樹章、張欽然、唐文浩的辛勤工作和成果。
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《高通量測序技術在選擇性剪接研究中的應用》由中國農業出版社出版。
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前言
第1章BioIDMapper：生物大分子編碼轉換系統
1.1生物大分子編碼轉換
1.2BioIDMapper下載資源
1.3系統要求
1.4軟件構架
1.5功能簡介
1.6圖形化使用者接口
1.7實例
1.8項目分析
1.9用戶使用統計
1.10結論
第2章SplicingTypesAnno：選擇性剪接識別軟件
2.1選擇性剪接軟件
2.2SplicingTypesAnno下載資源
2.3系統安裝
2.4主要剪接類型
2.5單個基因分析和全轉錄組分析
2.6輸入輸出格式
2.7功能描述
2.8項目分析
2.9總結報告
2.10用戶使用統計
2.11結論
第3章nagnag：NAGNAG選擇性剪接識別及定量軟件
3.1 NAGNAG選擇性剪接進展
3.2nagnag下載資源
3.3輸入輸出格式
3.4功能描述
3.5項目分析
3.6用戶使用統計
3.7結論
第4章prettycloud：文本資料的可視化工具
4.1文本資料的可視化
4.2prettycloud下載資源
4.3安裝
4.4 prettycloud算法
4.5相關參數
4.6實例
4.7使用者使用統計
4.8結論
第5章pairheatmap：高通量資料可視化工具
5.1熱圖
5.2pairheatmap下載資源
5.3相關參數
5.4高通量測序數據分析
5.5用戶使用統計
5.6結論
第6章基因晶片分析挖掘表達差異基因
6.1基因晶片技術
6.2資料分析流程
6.3項目分析
6.4結論
第7章高通量測序RNA—seq資料分析挖掘
7.1高通量測序
7.2高通量測序分析流程
7.3高通量轉錄組測序研究領域
第8章NAGNAG選擇性剪接研究
8.1NAGNAG選擇性剪接
8.2研究方法
8.3結果分析
8.4結論
第9章轉錄非編碼區的識別和分析挖掘
9.1轉錄非編碼區研究進展
9.2材料與方法
9.3結果與分析
9.4結論
第10章長鏈非編碼RNA的識別和定量
10.1長鏈非編碼RNA
10.2研究方法
10.3項目分析
10.4結論
第11章基因調控網絡構建及分析
11.1基因調控網絡
11.2材料與方法
11.3結果
11.4基因調控網絡可視化
11.5結論
第12章環形RNA的識別和定量
12.1國內外研究現狀及分析
12.2研究方法
12.3分析流程
12.4項目分析
12.5結論
主要參考文獻
第1章BioIDMapper：生物大分子編碼轉換系統
1.1生物大分子編碼轉換
1.2BioIDMapper下載資源
1.3系統要求
1.4軟件構架
1.5功能簡介
1.6圖形化使用者接口
1.7實例
1.8項目分析
1.9用戶使用統計
1.10結論
第2章SplicingTypesAnno：選擇性剪接識別軟件
2.1選擇性剪接軟件
2.2SplicingTypesAnno下載資源
2.3系統安裝
2.4主要剪接類型
2.5單個基因分析和全轉錄組分析
2.6輸入輸出格式
2.7功能描述
2.8項目分析
2.9總結報告
2.10用戶使用統計
2.11結論
第3章nagnag：NAGNAG選擇性剪接識別及定量軟件
3.1 NAGNAG選擇性剪接進展
3.2nagnag下載資源
3.3輸入輸出格式
3.4功能描述
3.5項目分析
3.6用戶使用統計
3.7結論
第4章prettycloud：文本資料的可視化工具
4.1文本資料的可視化
4.2prettycloud下載資源
4.3安裝
4.4 prettycloud算法
4.5相關參數
4.6實例
4.7使用者使用統計
4.8結論
第5章pairheatmap：高通量資料可視化工具
5.1熱圖
5.2pairheatmap下載資源
5.3相關參數
5.4高通量測序數據分析
5.5用戶使用統計
5.6結論
第6章基因晶片分析挖掘表達差異基因
6.1基因晶片技術
6.2資料分析流程
6.3項目分析
6.4結論
第7章高通量測序RNA—seq資料分析挖掘
7.1高通量測序
7.2高通量測序分析流程
7.3高通量轉錄組測序研究領域
第8章NAGNAG選擇性剪接研究
8.1NAGNAG選擇性剪接
8.2研究方法
8.3結果分析
8.4結論
第9章轉錄非編碼區的識別和分析挖掘
9.1轉錄非編碼區研究進展
9.2材料與方法
9.3結果與分析
9.4結論
第10章長鏈非編碼RNA的識別和定量
10.1長鏈非編碼RNA
10.2研究方法
10.3項目分析
10.4結論
第11章基因調控網絡構建及分析
11.1基因調控網絡
11.2材料與方法
11.3結果
11.4基因調控網絡可視化
11.5結論
第12章環形RNA的識別和定量
12.1國內外研究現狀及分析
12.2研究方法
12.3分析流程
12.4項目分析
12.5結論
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